La rinnovata biblioteca del Sant'Ambrogio (alla quale per ora si accede dal portico - vicino al nuovo ascensore - in attesa che vengano ultimati i lavori dell’ingresso direttamente da via Copernico) conta circa 80.000 volumi, tra i quali preziose opere di Sant'Agostino, risalenti al 1515.
Tra le raccolte di riviste, assai importanti per la storia della presenza salesiana in Milano: Catechesi  (annate complete: 1932-2001), Salesianum (annate complete: 1939-2001), Bollettino Salesiano (annate complete: 1891-2000), Don Bosco, l’iniziale periodico dell’Opera salesiana di Milano (annate complete: 1897-1923; 1925-1935; 1938-1950; 1952-1953; 1955-1971, la prima edizione di Presenza Educativa (annate complete: 1972-1985), la nuova Presenza Educativa - don Bosco a Milano (dal 2002 ad oggi) e Aeroplanino di carta (annate dal 1993 ad oggi).
Il bibliotecario, Andrea Martorini, nell’ultimo anno e mezzo ha provveduto alla sistemazione ed alla catalogazione del materiale (ancora in corso); è allievo di don Virginio Pontiggia, che fu segretario del Cardinal Martini e che attualmente dirige la biblioteca del Seminario Arcivescovile di Venegono Inferiore (Va).